Vector NTI序列比對(duì)軟件是一款非常好用的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)軟件，能夠幫助用戶輕松進(jìn)行各種實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)，有效的減少了試驗(yàn)次數(shù)，優(yōu)化實(shí)驗(yàn)結(jié)果，使用起來(lái)十分方便快捷，感興趣的朋友不要錯(cuò)過(guò)了，歡迎大家下載體驗(yàn)。

軟件特色

從AlignX出口分子

在文本窗格中選定的分子可以出口到GenBank、EMBL(GenPept蛋白質(zhì))(SWISS-PROT蛋白質(zhì))，或?yàn)樵�序列fasta文件。若要將分子導(dǎo)出到外部文件，請(qǐng)選擇項(xiàng)目>導(dǎo)出分子，并在“文件保存”對(duì)話框中選擇文件類型。

得分矩陣-- AlignX

設(shè)計(jì)成對(duì)序列比對(duì)評(píng)估的所有算法都是基于將分?jǐn)?shù)分配給對(duì)齊殘基的系統(tǒng)，檢測(cè)不同序列之間的相似性。眾所周知，某些氨基酸在其他相關(guān)蛋白質(zhì)中很容易被其他氨基酸取代，這可能是因?yàn)樗鼈兙哂邢嗨频睦砘�性質(zhì)。根據(jù)氨基酸被替換為原始?xì)埢�的相似性，這些“替換”被分配在矩陣中顯示的分?jǐn)?shù)。在對(duì)齊分?jǐn)?shù)上相同或相似的殘留物比那些不太相似的殘留物高

比對(duì)pcr分析報(bào)告

當(dāng)搜索完成時(shí)，如果您在結(jié)果選項(xiàng)卡上檢查了生成報(bào)告選項(xiàng)，則對(duì)齊PCR報(bào)告預(yù)覽窗口顯示分析結(jié)果。比對(duì)PCR分析報(bào)告對(duì)話框的外觀和功能類似于多重PCR分析報(bào)告對(duì)話框。

關(guān)于點(diǎn)陣

點(diǎn)陣分析主要是比較兩個(gè)序列來(lái)尋找所有可能的殘基匹配的方法。該方法還可用于蛋白質(zhì)和DNA序列中的直接或反向重復(fù)序列。它可以預(yù)測(cè)RNA中自我互補(bǔ)的區(qū)域，從而形成雙鏈區(qū)或二級(jí)結(jié)構(gòu)。

分析bioannotator

bioannotator是一套全面的蛋白質(zhì)和核酸序列分析工具，超過(guò)五十種不同的預(yù)定義的蛋白表與特征映射和序列提供。bioannotator還提供以下先進(jìn)的搜索和分析工具，它是運(yùn)行在分析監(jiān)控：PROSITE，Pfam，塊和蛋白水解裂解。

通過(guò)Web執(zhí)行分析

Vector NTI使得它很容易把你的alignx數(shù)據(jù)直接到公共網(wǎng)站已經(jīng)建立了一個(gè)分子的三維結(jié)構(gòu)，比較它與其他分子，特定功能的搜索，或進(jìn)行基因預(yù)測(cè)，等等。

軟件功能

分析GenomBench

genombench是Vector NTI提前的基因組項(xiàng)目的主力。genombench可以容納一個(gè)堿基的基因組片段，可以檢索從兼容的系統(tǒng)兼容的服務(wù)器上的數(shù)據(jù)，例如UCSC和Ensembl。它提供了瀏覽和查詢這些網(wǎng)站使用關(guān)鍵詞，界面兩側(cè)標(biāo)記，BLAT(UCSC數(shù)據(jù)庫(kù))或SSAHA(的)。genombench還提供以下先進(jìn)的搜索和分析工具，它是運(yùn)行在分析監(jiān)控

對(duì)分子序列的操作

我們以一個(gè)DNA序列為例，進(jìn)行一系列的常規(guī)分析;最后將此DNA序列翻譯成氨基酸序列，并對(duì)此氨基酸序列進(jìn)行各種分析。

對(duì)齊顯示設(shè)置——Consensus Calculation Tab

一致性序列是一個(gè)理論上有代表性的核苷酸序列，其中每個(gè)核苷酸代表在同一位點(diǎn)上在同一位點(diǎn)上經(jīng)常看到的殘基，或由其他標(biāo)準(zhǔn)選擇�！皩�(duì)齊設(shè)置”對(duì)話框中的“一致性計(jì)算”選項(xiàng)卡指定如何以對(duì)齊方式計(jì)算對(duì)齊窗格中作為底部序列的一致序列。

以點(diǎn)擊作為特征輸出查詢分子

當(dāng)您導(dǎo)出查詢顯示為特征的分子打成。GFF文件，使用點(diǎn)擊功能GFF文件命令導(dǎo)出查詢分子保存。GFF文件到外部位置(硬盤、軟盤、網(wǎng)絡(luò)等)。你可以打開(kāi)一個(gè)。在一個(gè)Vector NTI分子視窗GFF文件并將其保存到Vector NTI數(shù)據(jù)庫(kù)，如果需要的話。。GFF文件提供一個(gè)共享查詢爆破方法打信息與其他Vector NTI用戶分子格式。

模擬電泳

模擬電泳是指對(duì)DNA片段進(jìn)行酶切分析后，通過(guò)電腦模擬電泳過(guò)程，將酶切片段分離。該功能有利于評(píng)估電泳時(shí)間，便于驗(yàn)證實(shí)際電泳結(jié)果的好壞。

使用說(shuō)明

（一）導(dǎo)入外源序列的方法

點(diǎn)擊Project菜單中Add Files命令，選擇需要比較的序列文件，點(diǎn)擊打開(kāi)按鈕，確認(rèn)是DNA/RNA還是Protein Sequence后，點(diǎn)擊Import按鈕就可以完成序列的導(dǎo)入任務(wù)。

（二）以演示Project來(lái)講述AlignX的使用

1．選擇Project菜單Open命令，找到Vector NTI的Demo Projects文件夾，打開(kāi)DNA.apr文件；

2．在文本窗口中，使用鼠標(biāo)左鍵雙擊任一文件名，就可以得到該文件的所有基本信息；

3．建立一個(gè)新的比較策略并進(jìn)行比較：

①在文本窗口中，按住Ctrl鍵選中四個(gè)序列：AF××××

②點(diǎn)擊Alignment菜單中Alignment Setup命令，出現(xiàn)Alignment Setup對(duì)話框，在此對(duì)話框中有30個(gè)選項(xiàng)來(lái)確定最終比較結(jié)果展示方式，這里我們使用默認(rèn)值即可。

③點(diǎn)擊Alignment菜單中的Align Selected Sequence命令，片刻后程序完成比較并給出結(jié)果和進(jìn)化樹(shù)；

④在View菜單中，我們可以通過(guò)Edit Alignment命令來(lái)編輯比較結(jié)果，使用Display Setup命令來(lái)改變結(jié)果的展示方式和顏色等。

4．結(jié)果的導(dǎo)出：

①進(jìn)化樹(shù)的導(dǎo)出：激活進(jìn)化樹(shù)窗口，點(diǎn)擊工具欄中的Export Tree按鈕即可將進(jìn)化樹(shù)保存為.Ph文件，并可被其他樹(shù)編輯軟件所識(shí)別�；蛘唿c(diǎn)擊Edit菜單中的Camera命令，將圖像保存到剪貼板后在Word等文檔編輯軟件中粘貼；

②序列比較結(jié)果的導(dǎo)出；點(diǎn)擊Project菜單中的Export MSF Format命令，將結(jié)果保存為.msf文件后，用GeneDoc打開(kāi)進(jìn)一步進(jìn)行編輯和修飾。